ШД приспособить трудно - у них нет запоминания точки остановки, т.е. обратной связи.
Лучше взять за основу севоприводы.
Там всё просто делается.
Где-то валяется АСУ, его можно взять за основу.
На 328 можно поставить два энкодера, но лишний гемор.
Я использовал мышь PS/2.