Тактирование меги идет от внутреннего генератора, мега+индикатор будут работать нормально без 2306.
Вам нужно сделать версию под CD диапазон? Чтобы не крутить постоянно частоты?
Что Вы понимаете под проверкой нулей?

Вот прошивка под СВ.
Диапазон зажимать не стал - 26.000-30.000 мгц,
границы сканирования те же
Стартовая частота 27.025
Шаг по умолчанию 5 кгц.
ГУН на прием = Частота+ПЧ
ГУН на передачу = Частота.

В архиве так же и батник для программирования прошивки и фьюзов. Подправите его под свой программатор.