Т.е. вторым программатором?
По крайней мере тот программатор, которым обновляли точно работает.
Возможно проблемы от питания программируемой микросхемы от программатора. Можно попробовать запитать ее от отдельного источника питания.
Обычно эти микросхемы программируются уже в собранном устройстве или макете. Когда уже питание подается нормальное, кварц, если он нужен, подключен...