Конечно назначение выводов отличаются, нужно составить таблицу соответствия выводов между Атмегой в ДИПе и в СМД корпусах, скорее всего не на те вывоводы подключаешь. Сравни разные корпуса, найди схемы с Атмегами, что бы были подписаны выводы и сравни. Удачи.