Перечитал ответы на CQHAM и руководство, но не нашел ответа на вопрос: можно ли вручную (без программирования канала памяти) задать CTCSS?

Вопрос связан с особенностями работы SO-50: необходим субтон 67 Гц и одновременно режим SPLIT.

П.С.
Или есть способ запрограммировать канал памяти с установленным режимом SPLIT?

На CQHAM не всегда можно найти ответ, не всегда есть время туда заходить. Все последние изменения и дополнения можно найти именно здесь.
По поводу Вашего вопроса:
Этот режим нормально реализуется в FM2008. Но для использования подтональника обязательно нужно перейти а режим каналов. На передающей частоте выставляете в каком-либо канале нужноую частоту, нужный подтональник, затем переходите в диапахон приема, нажимаете (долго) на клавишу "BND" и оказываетесь в нужном режиме.
Для отслеживания частоты спутника, компенсации эффекта Допплера,подстраивается только частота приемника. Подстраивать частоту передатчика и использовать для этого несколько каналов не требуется.

Тоесть если на одном диапазоне у меня включен настроенный канал, я могу работать в режиме SPLIT с использованием этого канала? Заметачельно!

В режиме SPLIT при нажатии на тангенту радиостанция пережодит на другой диапазон на последнюю использовавшуюся частоту. Если последней частотой бы канал, настроенный на нужную частоту и с нужным подтональником, то именно на него и переключтся станция.